新制度经济学这一概念最早由威廉姆森在20世纪70年代正式提，但新制度经济学企业理论的起源应该追溯到1937年科斯( RonaldCoase)《企业的性质》一文的发表，后经威廉姆森等众多经济学家的不断丰富与发展，逐渐得到完善。
新制度经济学关于企业理论的论述可以通过3个重要的理论分支进行说明：1．交易费用经济学。2．产权理论。3．委托——代理理论(Principal-agent Theory)。
总的来说，新制度经济学企业理论较新古典经济学企业理论的进步之处在于：①打破了新古典经济学企业理论中企业作为既定外生变量的假设基础，从交易费用的角度创造性地解释了企业的本质；②改变了新古经济学企业理论非契约的分析方法，把我们在日常经济生活中熟悉的制度、环境等因素纳入分析框架中，使原有模型更加贴近现实；③纠正了新古典经济学企业理论的“黑箱”，开始注重企业内部组织关系的分析，企业理论的研究范围得到进一步拓展；④提出了更贴近现实的理论假设，如有限理性、机会主义和效用最大化等。

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